En el caso de la provincia de Misiones, la tendencia se repitió. En esta provincia fueron anulados 14.398 votos sobre 627.897 emitidos (2,29 %), frente a los 10.909 sobre 654.282 (1,66 %) en 2021.
El nuevo sistema modifica completamente la mecánica de votación: en 2021 cada fuerza política contaba con su propia boleta, mientras que en 2025 los ciudadanos debieron utilizar una única hoja con todas las opciones. Aunque el objetivo es transparentar y simplificar el proceso electoral, este cambio podría haber generado confusión entre electores poco familiarizados con el formato.
Según lo indica la Cámara Nacional Electoral, un voto es considerado nulo bajo el sistema de boleta única cuando se marca más de una opción para la misma categoría, la boleta está rota hasta impedir reconocer la elección, si contiene inscripciones o dibujos adicionales que confundan la intención del votante, o si se introduce un objeto extraño junto con ella en la urna.